Warnet sendiri tidak terlepas dari berbagai masalah seperti
- Pornografi. Banyak negara memandang internet adalah salah satu media dimana pornografi dapat diakses oleh pengguna. RRC contohnya telah mengontrol hal ini dengan ketat dan dianggap efektif .
Hal ini dikarenakan medianya yang visual dan kemudahan untuk mengunduh
berkas seperti film yang mengandung fotografi dalam bentuk AVI
(terbesar) hingga 3gp untuk kapasitas telepon genggam.
- Pengunduhan program-program komputer ilegal atau program-program
komputer yang sudah di kodenya sudah dipecahkan ulang, atau dikenal juga
sebagai Cracker APP/WAREZ.
- Penyebaran virus dan worm. Virus/worm ini menyebar melalui situs, dokumen yang di unduh dari surat-e, flashdisk, dan lain sebagainya.
- Perjudian dalam jaringan.
- HAKI dalam penggunaan perangkat lunak oleh warnet tersebut. Namun
beberapa warnet juga sudah menggunakan perangkat lunak sah baik dengan
membeli izin proprietary maupun enggunakan perangkat lunak bersumber
bebas (Open Source) seperti Linux. Software Linux yang populer diwarnet seperti Ubuntu, IGOS, SimplyMepis, Suse dan lain-lain.
- Kejahatan melalui jaringan seperti penipuan, scam, penyedia layanan game online seperti Real-Money trans, botting, cheat hingga manipulasi karakter seperti penipuan.